La diócesis de Santo Domingo en Ecuador (en latín: Dioecesis Sancti Dominici in Aequatoria) es una diócesis de la Iglesia católica, cuya sede se encuentra en Santo Domingo, capital de la provincia de Santo Domingo de los Tsáchilas, Ecuador.

Pertenece a la provincia eclesiástica de Portoviejo.

Desde 2015 el obispo es Bertram Victor Wick Enzler.¹​²​³​

Su iglesia principal es la catedral de El Buen Pastor.⁴​